epi 1

zespół pradera wiliego

na chr. ojcowskim, upośledzenie umysłowe, zanurzenia zachowania, zaburzenia wzrostu

zespół angelmana

chr. matki, drżenie kończyn zab. równowagi i mowy, pogodne usposobienie

co ulega metylacji w DNA?

cytozyna - powstaje 5-metylocytozyna

jaki substrat do metylacji DNA?

S-adenozynometionina

Jaki enzym przeporwadza rekację metylacji?

metylotransferaz DNA (DNMT)

W obrębie jaki dinukleotydów zachodzi metylacja?

CpG (wiązanie na tej samej nici), jest ich ok. 3*10^7

Czym są wyspy CpG?

regiony DNA bogate w CpG, powyżej 200pz, gdzie C i G >/= 50%, jest ich około 29tys

Czy wyspy CpG są metylowane?

Nie

Jaki jest stosunek zmetylowanych do nie zmetylowanych

80 do 20

jaki jest % podział wysp do rozproszonych CpG

2% wysp, 98% rozproszone

Rola wysp CpG

48% reg. promotorowe, 27% miedzy genami, 25% w obrębie genów, 10% metylowane

Gdzie są najczęsciej niezmetylowane CpG, a gdzie mogą

niezmet. w promotorach (house-keeping gene), mogą byc zmet w genach specyficznych

Rodzaje metylacji

zachowawcza, de novo

Czym jest metylacja zachowawcza?

przywróceniem wzoru metylacji nici rodzicielskiej po replikacji DNA

Metylacja de novo?

nowe wprowadzenie grup metylowych

Co to jest DNMT1?

główna metylotransferaza, metylacja zachowawcza, duże powi. do hemimetylowanych CpG, kotre sa generowane w replikacji

Co to jest DNMT2?

metylotransferaza RNA, podobna strukt. do DNTM1, ale nie metyluje DNA

DNMT3 a i b?

metylacja de novo, ustalanie wzorów metylacjiw początkowych stadiach rozwoju

DNMT3L

brak zdolności katalitycznej, czynnik stymulujący DNMT3a i b. ułatwia wiąanie SAM i DNA, zangażowana w remodelowanie chr, i deacetylacje his.

Wyciszanie przez metylacje, jak?

1. zablokowanie oddziaływania metylowanych z cz. transkrypcyjnymi 2. przyłączenie do 5met. cytozyny białek MBP - wiążą też HDAC i białka ATP zalezne (pakowanie chr.)

Rola metylacji?

represja gen, piętnowanie gen, inaktywacja X, wyciszenie transpozonów, i sek. retrovir, naprawa DNA, utrzymanie stabinlości gen i strukt. chr

demetylacja pasywna

brak aktywności DNMT1 - przenoszone 5mC w trakcie podziału

demetylacja aktywna

bezpośrednie usuwanie 5mC przez demetylazy (nie oznaczono jescz), wycięcie 5mC przez glikozylacje i naprawa BER (wyc, niepr, zasady), przekształcenie %mC w tyminę (bAID/APOBEC) i naprawa BER, białka TET - 5mC w 5hmC

Główna droga demetylacji?

hydroksylacja 5mC

TET 1

TET 1 - w ALM translokacja TET zna metylotrasferazę histonów - powstaje MLL

Czym są TET?

u człowieka: TET1/2/3, są dioksygenazami zależnymi od Fe2+ i a-ketoglutaranu,

Jak wygląda szlak przekształcania przez TET?

5mC do 5hmc, potem do 5formyloC, potem do 5karboksyC, następnie naprawa BER

hierarachiczna struktura chromatyny

2nm -nagieDNA, 11nm-nukleosom, 30-solenoid, 300-wypętlona nić, 1400nm-chr. mitotyczny

histony - chrakterystyka

małe, stosunek. wag.z. DNA - 1:1, mała mas. cz, ptk. izoelek.-10-11, lack. tryptofan, aa. zas-22%, aa.kw.-15%

Nukleosom

oktamer (dimery H2A, H2B, H3, H4 - rdzeniowe), H1- łącnikowy

Jakie fragmenty histonów ulegają modyfikacjom?

N-terminalne (wystają poza oktamer)

Modyfikacje histonów?

Acetylacja, Metylacja, Fosforylacja, Ubikwitynacja, ADP-rybozylacja, Sumoilacja, Propionylacja, Biotynylacja, o-GlcNAcylacja

Jakie enzymy odpowiadają za acetylacje histo?

acetylotransferazy histonów (HAT), donorem jest acetylo-CoA, proces odwracalny

Jakie enzymy przeprowadzają deacetylację?

HDAC

Jaki mechnizm odpowiada za kondensowanie chromatyny?

acetolizyny mają ładunek obojętny, dlatego nie dochodzi od oddziaływań elektrostatycznych, tak jak w przypadku samej lizyny (kondensacja_

Czym jest bromodomena?

1. miejscem przyłączenia białek reg. rozpoznających acetolizynę 2.

Jakie f-kcje ogrywa acetylacja histo?

regulacja replikacji DNA, transkrypcji, naprawa chromatyny przez przebudowę

Jakie są rodzaje HAT?

GNAT, MYST (MOZ, Sas2, Sas3, Tip60), CBP/p300

Za co odpowiada GNAT?

Ściśle związana z aktywacją transkrypcji genów (np. Hat1)

Zaco odpowiada MYST?

Aktywacja transkrypcji i naprawa DNA

Czy HAT działają niezależnie?

Nie, wchodzą w skład kompleksów takich jak SAGA, ADA (drożdże), czy TFTC - człowiek

Deacetylazy (HDAC) klasa1, za co odpowiadają?

HDAC (1,2,3,8), głównie jądrze kom. w wielu tkankach i ninikach kom.